Пётр III закрыл Тайную канцелярию и запретил применять при допросах пытки
К числу важнейших дел Петра III относятся упразднение Тайной канцелярии, начало процесса секуляризации церковных земель, поощрение торгово-промышленной деятельности путём создания Государственного банка и выпуска ассигнаций (Именной указ от 25 мая), принятие указа о свободе внешней торговли (Указ от 28 марта); в нём же содержится требование бережного отношения к лесам как одному из важнейших богатств России.
В изданном по этому случаю Манифесте Петр III сформулировал новые принципы и методы дознания:
…Можно и надлежит кротостью исследования, а не кровопролитием прямую истину разделять от клеветы и коварства, и смотреть, не найдутся ли способы самим милосердием злонравных привести в раскаяние и показать им путь к своему исправлению
Упраздняя зловещую организацию, наводившую ужас на всю страну, Петр III все же не желал оставить государство без тайной службы. После заявления в Сенате он немедленно занялся созданием нового учреждения – Тайной экспедиции. Указ о ее создании был подписан 12 февраля. При этом всех опытных работников Тайной канцелярии решено было сохранить на службе.
Всем служившим в Санкт-Петербургской Канцелярии и ее Московской конторе указывалось «быть на том же жалованье, которое они ныне получают, а именно: здешним при сенате, а московским при Сенатской конторе».
И только после этого, 21 февраля Манифест об уничтожении Тайной канцелярии был опубликован.
«1762 году февраля 7 дня Его Императорское Величество, будучи в присутствии в Сенате, всемилостивейше указать соизволил Канцелярию Тайных дел уничтожить и [отныне] оной не быть, а учредить при Сенате особу экспедицию на таком же основании, как было при Государе Императоре [Петре] Втором, о чем учиня с обстоятельствами публичному указу формуляр поднесть к высочайшей Его Императорского Величества конфирмации, во исполнение Его Императорского Величества указа. Правительствующий Сенат приказал: учиня о оном из указов выписку предложить к рассуждению немедленно».
Среди других мер исследователи отмечают указ, разрешавший заводить фабрики по производству парусного полотна в Сибири, а также указ, квалифицировавший убийство помещиками крестьян как «тиранское мучение» и предусматривавший за это пожизненную ссылку. Он также прекратил преследование старообрядцев. Петру III также приписывают намерение осуществить реформу Русской православной церкви по протестантскому образцу (В Манифесте Екатерины II по случаю восшествия на престол от 28 июня 1762 года Петру это ставилось в вину:
«Церковь наша греческая крайне уже подвержена оставалась последней своей опасности переменою древнего в России православия и принятием иноверного закона»
Законодательные акты, принятые за время короткого правления Петра III, во многом стали фундаментом для последующего царствования Екатерины II.